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草菇栽培于高温、高湿的季节 ，这时最适宜病菌、害虫 、杂菌生长繁殖。由于草菇生长发育的速度快，栽培周期短 ，即使在栽培初期病菌和杂菌就开始发生 ，待繁殖蔓延到危害的程度时，草菇栽培已接近结束 。此外 ，草菇属于草腐型真菌 ，木腐类杂菌较难生长，因此 ，青霉 、绿色木霉、链孢霉 、毛霉 、根霉、曲霉等都较少发生 。唯有鬼伞是草菇栽培的主要杂菌。
鬼伞属于竞争性杂菌 ，往往丛生于稻草堆上，生长速度比草菇还快 ，4～5天便可长出鬼伞 ，朝生暮死 。它的危害是与草菇竞争养分 。培养料过湿 、过酸 、通气不良易生鬼伞。
防治措施如下：
（1）培养料要求无霉变，使用前最好在烈日下暴晒1～2天 。
（2）堆草前用1%～2%石灰水浸泡稻草，一方面可杀死杂菌 ，另一方面可软化秸秆 。
（3）适当增加播种量 ，使草菇菌丝尽快占满菌床，发挥群体效应 ，抑制鬼伞生长。
（4）草菇菌丝生长时 ，如有鬼伞发生，可用5%石灰水进行局部消毒 ，菌床上一旦长出鬼伞就应及时摘除 ，不可等到鬼伞菌盖潮解后才摘除，摘除后的鬼伞及时带出菇房掩埋或烧毁 。
（5）采用二次发酵法栽培草菇 ，可有效地控制鬼伞发生 。
目前 ，草菇栽培的生物学效率较低，通常为10%～15% ，最高仅50%左右 ，而且产量稳定性较差。这可能与草菇本身的种性有关 。但若生物学效率低于8%，那可能是栽培管理措施不当，必须查明原因 。
造成草菇低产、绝收的原因较多。第一 ，与培养基有关。就目前的栽培情况讲 ，棉籽壳和废棉产量较高，其次为稻草配合棉籽壳 ，稻草的产量属中下水平 。若用蔗渣作培养料 ，需添加适量的麸皮 。第二，与菌种质量有关。目前市场上的菌株 ，有好有坏 ，混杂不清 。应用比较广泛的有V23 、V2 、V5等菌株 。菇农在选购菌种时最好是向科研单位或大专院校的菌种厂购买，质量较有保证。第三 ，与栽培方式有关 。室外堆垛法产量最低 ，二次发酵室内栽培产量最高 。第四，与栽培管理技术有关。若播种不均匀 ，易产生球菇（群菇）；温度波动太大 ，易造成大量小菇蕾死亡，在针头期切勿喷水，否则也会造成小菇蕾枯黄；草菇的呼吸强度是蘑菇的6倍 ，在出菇阶段 ，要保持室内空气清新，否则会提早开伞；采收方法需得当 ，应小心采菇 ，避免碰到周围的小菇，否则这些小菇就会枯死 。此外 ，堆垛法栽培草菇 ，由于菌丝的分解以及堆内微生物的发酵，会使料堆向下塌陷 ，使菌丝损伤 ，影响产量 。因此，堆宜宽不宜高。第五 ，无论采用何种栽培方式 ，不同的草菇菌种（菌株），绝不能混播在同一堆培养料中，否则出菇甚少 ，甚至颗粒无收 。这是因为不同菌株间会产生拮抗作用 。第六 ，病虫害。在草菇栽培料上易长出大量的鬼伞，与草菇争夺养分；虫害主要是螨类和菇蚊幼虫 ，食菌丝及子实体。
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